2x1 · Un niño en el horno

Watson y sus compañeros vuelven a la acción cuando la madre de Mary se envenena accidentalmente mientras padece una rara forma de demencia que avanza a una velocidad imposible. Mientras tanto, Sherlock Holmes reaparece tras haber sido dado por muerto.

2x2 · De entre los muertos

Cuando una investigadora universitaria especializada en microbiología regresa de una expedición a Siberia, ella y los miembros de su equipo enferman por un posible patógeno reactivado o "virus zombi". Mientras tanto, Watson se reencuentra con su amigo Sherlock Holmes tras descubrir que está vivo, e Ingrid se encuentra inesperadamente en la planta del equipo.

2x4 · Feliz cuando llueve

Watson y el equipo entran en acción cuando cuatro nuevos pacientes son ingresados en el UHOP con heridas que parecen estar infectadas con una bacteria carnívora tras un tornado. Mientras tanto, Shinwell busca un sentido a su carrera de enfermería y la boda de Adam con Lauren corre el riesgo de suspenderse.

2x5 · Afortunado

Mientras visita otro hospital, Watson se convence de que un paciente en coma sufre el síndrome de enclaustramiento y que ha sido confundido con un paciente en coma durante más de una década. Después de que el paciente sea trasladado al UHOP para recibir tratamiento, sorprende al equipo con mensajes escalofriantes. Mientras tanto, Sherlock regresa a la ciudad y se aloja con Watson.

2x6 · Ganar tiempo

Watson y sus compañeros luchan contrarreloj para salvar la vida de Xavier, un atleta de 21 años con un cáncer de rápido crecimiento y aparentemente incurable. Mientras tanto, Mycroft Holmes le informa a Watson que el trabajo de su equipo en la UHOP podría quedarse sin financiación.

2x7 · Episodio 7

El padre de Watson, Hamish, visita la UHOP para presentarles a Watson y a sus compañeros a su protegida, Annabelle, una niña prodigio del saxofón que sufre desmayos inducidos por la música. A medida que la condición de Annabelle empeora, Watson debe afrontar las tensiones que arrastra con su padre para poder salvarla.

2x8 · Livvy ve al médico

Watson y sus compañeros son tomados como rehenes por un hombre con una bomba atada al pecho que está desesperado por encontrar una cura para la enfermedad de su hija de 9 años.

2x9 · Episodio 9

2x10 · Episodio 10

2x11 · Episodio 11

Watson y sus compañeros corren contrarreloj para salvar a un hombre y a su esposa embarazada de un terrible sumidero. Mientras tanto, el futuro de Ingrid con su grupo de terapia se vuelve incierto.

2x12 · Episodio 12

2x13 · Episodio 13

2x14 · Vida injusta

Watson es demandado por un paciente de larga duración que padece el síndrome VACTERL, tras haberse sometido a múltiples intervenciones quirúrgicas dolorosas.

2x15 · Un tercer acto sorprendente

Watson y sus compañeros se apresuran a salvar la vida de una joven que necesita urgentemente un trasplante de riñón para sobrevivir. Mientras tanto, Sherlock regresa para ayudar a resolver casos pendientes en Pittsburgh.

2x17 · Misterios sin resolver

Tras la desaparición de una pieza clave, el equipo se apresura a encontrarla antes de que sea demasiado tarde.

2x18 · Así siempre los tiranos

Tras ser diagnosticado con un tumor cerebral, Watson se toma una baja médica para someterse a tratamiento, dejando a Mary al frente de la Clínica Holmes. Mientras tanto, un infame dictador sudamericano exige que Watson atienda personalmente su misteriosa enfermedad autoinmune. Por otro lado, Ingrid se preocupa cada vez más por la obsesión de Beck con Sasha.

2x19 · Regla de tres

Mientras la esposa de Adam entra en quirófano para dar a luz a trillizos mediante una cesárea, el caos estalla cuando su obstetra se desmaya en plena sala de operaciones. Mientras tanto, una fuerte tormenta desvía el viaje de Watson y Mary en su búsqueda de un prestigioso cirujano que pueda extirpar el tumor cerebral de Watson.

2x20 · Episodio 20