1x1 · EPISODIO 01: PROLOGUE + SUPER SPARTAN i

Daisuke Aramaki, miembro de Seguridad Pública, conoce a una misteriosa cíborg durante una redada a un mandatario extranjero, el cual es sospechoso de corrupción y actividad criminal. La mujer, que se presenta como Motoko Kusanagi, propone la creación de una nueva unidad especial dentro del Ministerio del Interior. Para iniciarla, Aramaki le encarga una investigación a su equipo.

1x2 · EPISODIO 02: SUPER SPARTAN ii + JUNK JUNGLE i

Aramaki recluta al equipo de Kusanagi, que empieza a trabajar bajo sus órdenes como la unidad blindada. Tiempo después, el cibercerebro de la intérprete del ministro de Asuntos Exteriores se ve afectado por un virus. Aramaki cree que el coronel Mares, un alto cargo refugiado en Japón, lo ha hecho para sabotear una reunión secreta, y ordena a la Sección 9 que encuentre al responsable del hackeo.

1x3 · Episodio 3

1x4 · EPISODIO 04: ROBOT RONDO

Después de que varios robots de prueba ataquen a sus dueños, la Sección 9 investiga a los modelos de esa misma serie y descubre que todos comparten un rasgo en común. Batou y Togusa se dirigen a la fábrica, Maquinarias de Precisión Hanka, para investigar por qué se producen estos ataques.

1x5 · Episodio 5

1x7 · Episodio 7

1x8 · EPISODIO 08: INTERMISSION + BRAIN DRAIN i

Kusanagi recobra el conocimiento tras infiltrarse en el cerebro del Titiritero. Aunque ya saben la verdad sobre sus orígenes, la comandante aún siente su presencia de vez en cuando. La unidad blindada asalta un barco perteneciente a una célula terrorista y Kusanagi acaba matando de un disparo al cabecilla por error.

1x9 · EPISODIO 09: BRAIN DRAIN ii