4x1 · Scylla, el libro negro

Michael venga la muerte de Sara, pero recibe una noticia inesperada. Michael y Lincoln reciben una oferta.

4x2 · La incursión

Para obtener una copia de la tarjeta Scylla, el equipo entra en la casa de un nuevo miembro de la Compañía. T-Bag llega a los extremos.

4x3 · Operación cancelada

Michael y su grupo están en riesgo de volver a prisión. T-Bag utiliza una nueva identidad y ve la posibilidad de un futuro.

4x4 · Águilas y ángeles

Michael, Lincoln y Sucre deben enfrentarse ahora con la policía. Sara está en peligro, y T-Bag encuentra viejos

4x6 · Contratiempo

Mahone es detenido, poniéndolos a todos en riesgo y en la mira de Wyatt. T-Bag huye al descubrirse su farsa.

4x7 · La quinta tarjeta

Lincoln, Sucre, Sara y Roland siguen a un titular de la tarjeta Scylla hasta las vegas; los demás van detrás de T-Bag.

4x8 · El precio a pagar

Michael y su equipo tienen un plan audaz para conseguir la última tarjeta. Se crea una difícil alianza con Gretchen pero hay un traidor en las filas.

4x9 · Triunfo amargo

El equipo debe abrirse paso a través de una tubería de cien mil litros de agua para llegar a

4x10 · La leyenda

Michael se desmaya, y debe ingresar en un hospital; Sucre pisa una mina antipersona, y el sorprendente secreto de Trishanne es desvelado.

4x11 · Silencio total

El equipo logra su plan al robar Scylla. Gretchen y T-Bag les tienden una trampa a Don y a Trishanne.

4x12 · Esperanza

Michael y el equipo finalmente logran dar con Scylla, pero les espera una terrible sorpresa.

4x13 · Acuerdos

El equipo lidia con la traición de Don, y Lincoln es capturado. Don obliga a Gretchen a ayudarlo a encontrar un nuevo comprador para Scylla.

4x14 · Solo negocios

Don, Gretchen, Michael y la Compañia están tras Scylla. T-Bag toma como rehén a la familia de Gretchen. Michael cae en manos de la Compañia.

4x15 · La despedida

Michael es sometido a cirugía. Lincoln y Sucre intentan recuperar tarjetas. Entretanto, Michael descubre algo sobre la verdadera naturaleza de las tarjetas de Scylla.

4x16 · El estado del sol

Lincoln y los demás van a Florida a recuperar Scylla. Una revelación inesperada dará un giro de 180 grados a la historia.

4x17 · Mina de oro

La Compañía enfrenta a Lincoln, Mahone, T-Bag y Don Self contra Michael y Sara para recuperar las tarjetas de Scylla.

4x18 · VS

Lincoln, Mahone, Self y T-Bag intentan descubrir el plan de Cristina, para así apoderarse de Scylla y entregársela al general Krantz. Por otro lado, Michael hace lo posible por evitarlo, pues su objetivo es destruir a la compañía. T-Bag muestra una vez más su naturaleza de traidor. Sara confirma un embarazo.

4x19 · H.D.P.

Michael se reúne con Christina y se entera de algunas cosas no muy agradables. Lincoln cae en una trampa, pero infortunadamente no cae solo.

4x20 · Vaqueros e indios

El hotel es un pandemónium tras un asesinato en la Conferencia Mundial de Energía. Michael debe elegir entre salvar a Sara o a Lincoln.

4x21 · Tarifas de intercambio

Caras conocidas vuelven a ayudar a Michael en su intento por derrotar a la Compañia de una vez por todas.

4x22 · Asesinando tu número

Caras conocidas vuelven a ayudar a Michael en su intento por derrotar a la Compañia de una vez por todas.

4x23 · Episodio 23

4x24 · Episodio 24