3x1 · Las lágrimas de Uther Pendragon (1ª Parte)
Cuando Morgana regresa a Camelot luego de su desaparición ocurrida casi un año antes, Merlín descubre que está aliada con Morgause, y forma parte de un plan para hacer que Uther caiga en la locura con la ayuda de una raíz de mandrágora, y del rey Cenred. Merlín la sigue en el bosque pero no tendrá idea de lo que estará por venir.
Temporada 3 · Episodio 1
3x2 · Las lágrimas de Uther Pendragon (2ª Parte)
Cuando Morgana y Morgause declaran la guerra, el pueblo de Camelot se encuentra detrás de los muros del castillo, mientras que afuera se produce la terrible batalla. Morgana levanta un ejército de muertos, y Merlín intenta derrotarla, tratando de mantener su magia en secreto.
Temporada 3 · Episodio 2
3x3 · El oro del duende
Después de tropezar accidentalmente e encontrar una cámara secreta, Merlín descubre un duende misterioso con un apetito voraz por el oro. Él, sin saberlo lo libera, y el duende toma el control sobre Gaius. El duende hace todo tipo de travesuras en el castillo, y Merlín está desesperado por encontrar una manera de liberar a Gaius, y de atrapar al duende.
Temporada 3 · Episodio 3
3x4 · Gwaine
Merlín y Arturo se ven superados en número en una pelea de taberna, pero un joven enigmático los ayuda a escapar. El nombre del hombre, es Gwaine, y arriesgo su propia vida para proteger a Arturo, pero durante su acto de valentía es herido de gravedad. El príncipe decide llevarlo de vuelta a Camelot para recuperarse con la ayuda de Gaius. Sin embargo, dos caballeros sin escrúpulos planean asesinar al príncipe.
Temporada 3 · Episodio 4
3x5 · La Cueva de Cristal
Merlín tiene una reunión con Taliesin, el envejecido hechicero, que lleva al joven magoa a la cueva de cristal y le muestra un vistazo del futuro.
Temporada 3 · Episodio 5
3x6 · El cambio
Arturo es forzado a un matrimonio arreglado con una princesa forastera, y el desconfiado Merlín descubre que ella podría no ser quien dice ser.
Temporada 3 · Episodio 6
3x7 · El castillo de Fyrien
Gwen se enfrenta a un terrible dilema cuando la obligan a elegir entre su distanciado hermano y Arturo, sabiendo que uno de ellos morirá a manos de Cenred.
Temporada 3 · Episodio 7
3x8 · El Ojo del Fénix
Para demostrarse que es merecedor del trono de Camelot, Arturo se embarca en una búsqueda solitaria para recuperar el Tridente Dorado del Rey Pescador.
Temporada 3 · Episodio 8
3x9 · Amor en tiempos de dragones
Cuando Alice, una médica y viejo amor de Gaius, e incluso estuvieron a punto de casarse hasta que se vio obligada a huir debido a la persecución de la magia por Uther, regresa a Camelot, Gaius está feliz por trabajar con Alice otra vez, pero no sospecha que está siendo controlada por una manticora, un monstruo mítico que le insta a matar al rey, y este no logra ser convencido por Merlín.
Temporada 3 · Episodio 9
3x10 · Reina de corazones
Morgaña sueña que Ginebra se convierte en reina de Camelot y, atormentada por estos sueños e incitada por Morgause, decide revelarle a Uther el cortejo de Arturo y Gwen.
Temporada 3 · Episodio 10
3x11 · La sombra del hechicero
Mientras se prepara el afamado torneo de Camelot, la ciudad se llena de guerreros a quienes se les une un joven con un arma secreta que puede ayudarlos: la magia.
Temporada 3 · Episodio 11
3x12 · La llegada de Arturo (1ª Parte)
Merlín y Arturo son eviados a una peligrosa misión para capturar la Copa de la Vida, un poderoso artefacto mágico que posee el don de la inmortalidad.
Temporada 3 · Episodio 12
3x13 · La llegada de Arturo (2ª Parte)
La reina Morgana ha tomado el lugar de Uther en el trono, mientras que Uther se encuentra indefenso y encarcelado en las mazmorras del castillo. Gwen y Sir León, logran escapar de Camelot para unirse a Arturo y a sus amigos en el exilio. A pesar de la imposibilidad de hacerle frente a un ejército inmortal, planean un contraataque para rescatar a Uther.
Temporada 3 · Episodio 13Ver Las aventuras de Merlin · Temporada 3 · Episodio 6 · El cambio
Arturo es forzado a un matrimonio arreglado con una princesa forastera, y el desconfiado Merlín descubre que ella podría no ser quien dice ser.
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