2x1 · Un gigante en la vía del tren

Brennan y Booth deberán investigar el descarrilamiento de un tren en el que viajaban un senador y un alto ejecutivo. Todo apunta a que un suicida que colocó su coche en las vías ferroviarias fue la causa del accidente.

2x2 · Una madre y un niño en la bahía

El cuerpo de una mujer embarazada aparece en la Bahía de Delaware. Booth y la policía rápidamente llegan a la conclusión de que se trata de Carlie Richardson, una mujer que desapareció hace un año, estando embarazada de nueve meses.

2x4 · La joven del juego

Booth y la doctora Brennan junto a su equipo estudian los restos de una mujer que se hallaban enterrados y que encierran un gran misterio. Tras realizar varias pruebas al cadáver, todo apunta a un asesino en serie que en ese momento ya se encuentra en el corredor de la muerte y que, por lo tanto, ha de tener un cómplice.

2x5 · La lejía nunca miente

Booth y Brennan investigan el asesinato de un hombre que aparece muerto en su bañera rodeado de productos químicos.

2x6 · La chica de la suite 2103

Brennan y Booth se dirigen a un salón de conferencias en el que se ha producido una explosión que ha causado cuatro víctimas mortales. Estudiando la escena, Brennan descubre incrustados en la pared los restos de un quinto cuerpo.

2x7 · La chica de los rizos

Los restos mortales de una niña aparecen en el interior de una depuradora. Brennan y Booth acuden al lugar y deciden trasladar el cuerpo al laboratorio para identificarlo.

2x8 · La chica de la arena

Booth y Brennan acuden al desierto ya que han encontrado el cuerpo de un agente federal que desapareció cinco años antes. Mientras analizan los restos del hombre, al que identifican como Mason Roberts, Brennan observa que hay buitres en la zona y que estos carroñeros están volando alrededor de algo.

2x9 · Alienígenas de la nave espacial

Brennan y Hoggins se convertirán en las próximas víctimas de un criminal por intentar resolver un caso. Todo comienza cuando aparecen los cadáveres de dos hermanos gemelos que fueron secuestrados por un famoso asesino en serie.

2x10 · La bruja sin cabeza en el bosque

Brennan y Booth llegan a un bosque acompañados de un guarda forestal para observar el lugar en el que ha aparecido asesinado y decapitado un joven. El guarda les explica que en aquel bosque existe una leyenda sobre una bruja que fue asesinada en 1780.

2x11 · Un judas crucificado

Brennan y Booth acuden a la escena de un crimen en la azotea de un hotel. Allí se encuentra el cuerpo de un hombre mutilado, quemado y colgado de un poste. Brennan encuentra entre los restos y unido a la garganta de la víctima una ficha con su identidad.

2x12 · El hombre de la celda

Brennan y Booth acuden a una prisión en la que se ha desatado un terrible incendio en una de las celdas. Un funcionario les informa que pertenecía a Epps, un asesino en serie.

2x13 · La chica del cocodrilo

Booth es obligado a tomarse un descanso y visitar a un psicólogo después de disparar a un camión de helados con la excusa de que hacía mucho ruido.

2x14 · El hombre de la mansión

El millonario Terence Bancrofit, quien hacía grandes donaciones al Jeffersonian, aparece apuñalado y asesinado en su habitación. La familia de la víctima solicita que sea la doctora Brennan, junto con su equipo, la que lleve el caso.

2x15 · Los cadáveres del libro

La doctora Brennan, Booth y Sully deben enfrentarse a un asesinato relacionado con la última novela escrita por la doctora. Brennan recibe una llamada de su representante para concretar la hora a la que debe acudir a la librería para firmar su novela.

2x16 · La chica sin huesos del río

Booth interrumpe el viaje que Brennan está realizando con Sully para informarle del hallazgo del cadáver de una joven en el río. Sin embargo, cuando llega al laboratorio y después de que el cuerpo haya sido sometido a un estudio forense previo, se da cuenta que la joven carece de huesos.

2x17 · El cura del cementerio

Una inundación en uno de los cementerios más antiguos de la región provocada por una fisura en una de las tuberías hace que decenas de ataúdes salgan al descubierto, al igual que los cadáveres de su interior. Brennan acude al lugar para identificar los restos y así permitir a los trabajadores volver a enterrarlos.

2x18 · El asesino del hormigón

Tras encontrar un cadáver inmerso en cemento, Booth y Brennan deciden investigar el caso. Booth está convencido de que Hugh Kennedy, un criminal perteneciente a una familia involucrada en la mafia y el crimen, es el asesino.

2x19 · Un hombre del espacio en un cráter

Brennan y Booth deben investigar los restos de un hombre que ha aparecido que parece haber caído del cielo. Ambos forenses trabajarán para identificar al hombre y descubrir cómo llegó allí, mientras Hodgins estudia datos sobre extraterrestres y secretos gubernamentales.

2x20 · Brillando en la vieja casa de piedra

Brennan y Booth reciben un nuevo aviso para investigar un crimen. Ambos deben dirigirse a una antigua casa donde ha aparecido un esqueleto.

2x21 · Mirando las estrellas desde el charco

Angela reconstruye el físico de una mujer cuyo cadáver han encontrado en un carro de la compra y en avanzado estado de descomposición. La víctima era joven pero sufría una enfermedad degenerativa, lo que provoca que los resultados afirmen que tiene más de 80 años.

2x22 · Episodio 22