2x1 · No hay nada más peligroso

Jane es recapturada por la CIA y accede a convertirse en un agente triple.

2x2 · Invocar al miedo

Weller y sus compañeros de equipo en el FBI, comienzan a investigar el verdadero mapa que son los tatuajes de Jane Doe, arrastrándoles a un submundo de alto riesgo a través de un laberinto de secretos y revelaciones.

2x3 · Se acerca el momento

Weller y su equipo deben correr contra el tiempo para detener una serie de atentados en New York, mientras Jane es obligada a emprender una misión de asesinato para demostrar su lealtad o sufrir las consecuencias.

2x5 · Defiende la constitución

Weller y el equipo deben trabajar con Allie Knight para acabar con un líder de la mafia.

2x6 · El ejército de Shepherd

Mientras Weller y Nas persiguen a un informante fugitivo en Bulgaria, Jane va en una misión de Sandstorm con Roman. Reade y Zapata deben hacer frente a un problema urgente.

2x7 · Solo se sirve a si mismo

Rich Dotcom regresa al FBI para pedirles ayuda con un asunto importante.

2x8 · Cuando los soldados atacan, plantamos cara

Jane y Wellner desaparecen así que el equipo intenta descubrir su paradero interrogando a dos criminales que pueden tener información.

2x9 · Protegeremos vuestra libertad

Después de que Jane descubre que Sandstorm se está preparando para un ataque inminente, ella arriesga todo para enviar un SOS secreto a su equipo del FBI.

2x10 · Como una realineación de Orion

Patterson está desaparecida y un Roman amnésico está en libertad. Jane y Weller deben competir con Shepherd - y el reloj - para encontrarlos antes de que sea demasiado tarde.

2x11 · Otoño utópico

Después de que uno de los terroristas más buscados del mundo aparece en New York por razones desconocidas, el equipo debe trabajar con la CIA para detener un bombardeo mortal.

2x12 · El diablo ruge en su interior

Cuando un tatuaje inusual conduce a Roman, el equipo debe decidir si lo enviará para ir encubierto con una pandilla de motociclistas peligrosos.

2x13 · Trata de evitar su nombre

El equipo obtiene un dato importante en el caso Sandstorm cuando descubren la verdadera identidad de Shepherd, y una conexión entre ella y Weller.

2x14 · Robar una web prestada

El equipo debe infiltrarse en una sociedad secreta con el fin de solucionar el enigma de otro tatuaje.

2x15 · Ave César, el cobarde

Después de que un conjunto de tatuajes generan múltiples pistas, el equipo se divide en parejas - Weller y Roman; Jane y Zapata; Patterson y Reade - para perseguir a un mensajero peligroso.

2x16 · La morada del mal, vida inocente

2x17 · Solos

Jane y Oliver se encuentran en una situación peligrosa que expone los secretos que ambos ocultaron. Con dudas de si pueden confiar el uno en el otro, la pareja debe permanecer viva mientras Weller y el equipo tratan de salvarlos.

2x18 · Arrugas en la sien

Bajo la investigación de un viejo rival, el equipo lucha por defenderse. Mientras tanto, un tatuaje los lleva a una muerte misteriosa en un hogar adoptivo.

2x19 · Considera la mentira

Jane y Weller trabajan encubierto para conseguir unos documentos clasificados. Mientras Shepherd viaja a Tailandia para conseguir un arma peligrosa.

2x20 · Poder ahogarse en palabras

Las transgresiones de Zapata la alcanzan y es enviada a la cárcel junto a una activa de Sandstorm llamada Devon, Weller y el equipo tendrán que hacer lo imposible para ayudarla.

2x21 · Mamá mejor juntas

El equipo finalmente obtiene un avance sobre la Fase Dos del plan de Sandstorm.

2x22 · Lepra sin fin

Mientras el FBI se enfrenta a una tragedia, Weller se encuentra en el centro de un evento sorprendente y Jane se enfrenta a un futuro incierto.