La trama de esta historia sigue la vida de Clary Fray, una joven que va una noche a Pandemonium, una conocida discoteca de Nueva York, donde ve a un chico atractivo de pelo azul y decide seguirle. Entonces se convierte en testigo de su muerte a manos de tres extraños cubiertos de tatuajes. Desde ese momento, su camino se une al de los Cazadores de Sombras. En esta aventura se podrán ver además hadas, vampiros, demonios u hombres lobo.
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2x1 · Esta sangre culpable
Jocelyn se reúne con su familia. Clary y el nuevo jefe del Instituto discrepan en cómo rescatar a Jace de Valentine, quien revela un oscuro secreto.
Temporada 2 · Episodio 1
2x2 · Una puerta a la oscuridad
Valentine tiene una nueva idea para ganarse a Jace, Simon le pide ayuda a magnus y Clary busca el equilibrio entre su vida pasada y la actual.
Temporada 2 · Episodio 2
2x3 · Parabatái perdido
Con la vida de Alec pendiente de un hilo, Jace trata de salvar a su parabatai mientras enemigos de ambos mundos confabulan contra los guerreros.
Temporada 2 · Episodio 3
2x4 · Día de cólera
Jace sigue presionero mientras Clary atrapa un demonio que penetra el instituto. Por otro lado, Jocelyn podría enfrentar un importante cambio.
Temporada 2 · Episodio 4
2x6 · Hermanas de hierro
Izzy y Clay acuden a una secta guerrera de shadowhunters que podría saber más sobre una misteriosa espada.
Temporada 2 · Episodio 6
2x7 · ¡Cómo caíste!
Aparece la hermana de Luke y trae discordias entre él y Clary sobre los próximos pasos. Por otra parte, Simon recibe consejos amorosos de alguien inesperado.
Temporada 2 · Episodio 7
2x8 · El amor es diabólico
Alec planea la ceremonia de runas para su hermano Max, pero la tensión aumenta entre los shadowhunters y conduce a una velada de dolorosas revelaciones.
Temporada 2 · Episodio 8
2x9 · Lazos de sangre
Clary enfrenta un gran obstáculo y la activación del pacto de sangre de Iris. Mientras tanto, Isabelle y Raphael se acercan cada vez más.
Temporada 2 · Episodio 9
2x10 · A la luz del amanecer
Mientras Valentine ejecuta su plan, los Shadowhunter se movilizan rápidamente para proteger al mundo subterráneo, y la vida de Clary está en peligro.
Temporada 2 · Episodio 10
2x11 · Mea maxima culpa
Los shadowhunters quedan devastados tras el ataque de Valentine al instituto, pero se ven obligados a luchar contra un demonio que amenaza Nueva York.
Temporada 2 · Episodio 11
2x12 · No sois vuestros
Mientras Valentine y Magnus intentan escapar de la cárcel, Jace lucha con una nueva identidad, y los shadowhunters enfrentan un posible alzamiento.
Temporada 2 · Episodio 12
2x13 · Aquellos con sangre demoniaca
La súbita muerte de varios shadowhunters obliga a los líderes del instituto a tomar medidas polémicas para defenderse de una violenta revolución del mundo subterráneo.
Temporada 2 · Episodio 13
2x14 · El reino de las hadas
Clary, Jace y Simon parten hacia la Corte Seelie para obtener respuestas de la reina de las hadas, mientras Alec prepara un acuerdo de paz con los subterráneos.
Temporada 2 · Episodio 14
2x15 · Un problema de memoria
Simon despierta sin memoria y bajo sospecha de asesinato, mientras Alec transfiere a Valentine a Idris, y alguien del pasado de Sebastian surge de la nada.
Temporada 2 · Episodio 15
2x16 · Día de expiación
Tras los últimos acontecimientos, a Simon le cuesta observar el Día de Expiación, mientras Clary y Jace viajan a Idris para encontrar a Valentine.
Temporada 2 · Episodio 16
2x17 · Un reflejo oscuro
Los shadowhunters se apresuran para encontrar el último de los Instrumentos Mortales, y Clary descubre que su hermano Jonathan está trabajando para Valentine.
Temporada 2 · Episodio 17
2x18 · ¡Despertad, levantaos o permaneced para siempre envilecidos!
Después de un devastador ataque en el Instituto, todo el mundo está en alerta mientras los cazadores de sombras se acercan a la caza deJonathan. Mientras tanto, Simon y Maia ayudan a un nuevo submundo mientras la Reina Seelie exige una respuesta de Magnus y Luke.
Temporada 2 · Episodio 18
2x19 · Salve y adiós
Con Valentine y Sebastian sueltos, los del Submundo se unen para hacer una elección sorprendente.
Temporada 2 · Episodio 19
2x20 · Junto al agua estancada
Jace y Clary se apresuran a hacer una posición final, pero cuando un traidor es revelado, Jace y Clary pueden tener una pelea más grande en sus manos de lo esperado. Mientras tanto, Alec y Izzy deben luchar contra una gran masa de demonios que han aparecido inesperadamente, mientras Luke y Simon se dirigen a la Corte Seelie para tratar con un negocio inconcluso con la Reina Seelie.
Temporada 2 · Episodio 20